จุดกำเนิดของซีอิ๊วถั่วเหลืองเริ่มต้นมาจากพระรูปหนึ่งชื่อ คาคุชิน (Kakushin) จากวัดโคโคกุ (Kokoku) ในคิชู ยูรา (Kishu Yura) ปัจจุบันคืออำเภอฮิดากะ จังหวัดวากายามา (Hidaka District, Wakayama) เป็นผู้ที่กล่าวได้ว่า ได้สร้างจุดกำเนิดของซีอิ๊วถั่วเหลืองในยุคคามาคุระ (พ.ศ.1728 – 1876) เมื่อคาคุชินกำลังสอนให้ชาวบ้านในคิชู ยูอาสะ ผลิตคินซันจิ มิโซะ (Kinzanji Miso) ที่เขาได้ไปเรียนรู้มาจากประเทศจีน ได้เกิดความผิดพลาดในขั้นตอนการเตรียมและบังเอิญผลิตได้สิ่งที่คล้ายกับซีอิ๊วทามาริ (Tamari Soy sauce) ซีอิ๊วถั่วเหลืองเข้มข้น ไม่เค็มมาก) ในปัจจุบัน ผู้ก่อตั้งซีอิ๊วถั่วเหลืองยามาซ่า กิเฮย์ ฮามากุจิซึ่งเป็นคนพื้นถิ่นของฮิโรมุระ (Hiromura) ปัจจุบันคือฮิโรกาวะโช (Hirogawa –cho) หมู่บ้านใกล้เคียงกับคิชู ยูรา หมู่บ้านซึ่งเป็นจุดกำเนิดซีอิ๊วถั่วเหลือง ตลอดช่วงอายุของต้นตระกูลฮามากุชิได้เดินทางไปกลับระหว่างบ้านต้นตระกูลที่คิชู ฮิโรมุระและโชชิ
ต้นตระกูล กิเฮย์ ฮามากุจิ เดินทางมาจากคิชู สู่โชชิและเริ่มต้นผลิตซีอิ๊วถั่วเหลืองยามาซ่า ขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2188 มีการคาดเดาว่า ฮามากุจิเริ่มทำธุรกิจที่โชชิ เพราะได้แรงบันดาลใจมาจากผู้มีนามว่า ซากิยามะ จิโรเอมอน ซึ่งเป็นคนจากคิชูบ้านเดียวกัน ซากิยามะได้สร้างท่าเรือที่โชชิและประสบความสำเร็จจากประมงวิธีใหม่ แม้ว่าจะประสบปัญหาบ้างจากการทำธุรกิจซีอิ๊วถั่วเหลือง ยามาซ่าก็ได้ผลิตซีอิ๊วถั่วเหลืองคุณภาพเยี่ยมอย่างต่อเนื่องมา 12 ช่วงอายุด้วยกันแล้ว นับเป็นเวลากว่าสามศตวรรษครึ่งที่บริษัทได้ก่อตั้งมา และในเวลาเดียวกัน เมืองโชชิก็มีสภาพภูมิอากาศที่ใกล้เคียงกับเมืองคิชูซึ่งเป็นเมืองในอุดมคติสำหรับผลิตซีอิ๊วถั่วเหลืองเช่นกัน จึงนับได้ว่าเมืองโชชิไม่เพียงจะพัฒนาเป็นเมืองแห่งการประมง แต่ยังสามารถพัฒนาเป็นเมืองแห่งการผลิตซีอิ๊วถั่วเหลืองได้ด้วย
ปี พ.ศ.2146 เป็นปีเริ่มต้นของการปกครองของรัฐบาลโชกุนโทคุกาวา และตั้งแต่การพ่ายแพ้ของตระกูลโทโยโตมิ ในการรบที่โอซาก้าในฤดูร้อนปี พ.ศ.2158 ศูนย์กลางการปกครองและวัฒนธรรมของญี่ปุ่น ทั้งรูปธรรมและนามธรรม ก็ได้เปลี่ยนเข้าสู่ยุคเอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว)
ซีอิ๊วถั่วเหลืองยามาซ่าได้ก่อตั้งขึ้นหลังจาก 42 ปีของการขึ้นปกครองของโชกุนโทคุกาวาที่โชชิ จังหวัดชิบะ เพื่อที่จะก้าวให้ทันยุคเมืองเอโดะ ยามาซ่าก็ได้ทุ่มเทพัฒนาสู่วงการอาหารและได้ผลิตซีอิ๊วถั่วเหลืองที่มีรสชาติอันเป็นเอกลักษณ์ของญี่ปุ่นสู่ผู้บริโภคอย่างต่อเนื่องเสมอมา